Blue Gender diễn ra trong một tương lai không xa trong một thế giới mà mọi thứ đã trở nên tồi tệ đối với nhân loại. Con người đã bị thay thế ở đầu chuỗi thức ăn bởi Blue, một chủng tộc người ngoài hành tinh giống bọ đã xâm chiếm Trái đất và đẩy loài người sang một bên.